1998. aastal loodi kooliõpilaste toetamiseks Tartu linnas Kroonuaia Kooli juurde Pedagoogilis-psühholoogilise Nõustamise ja Õpiabi Keskus. Keskuse juhiks ning üheks eestvedajaks oli eripedagoog Ana Kontor. Meeskond pakkus nõustamist kõigile Tartu linna lastele.
2008. aastal käivitus ESF programm “Õppenõustamissüsteemi arendamine”, mille raames laienes keskuse tegevus ka Tartu maakonnale. Samuti hakati nõustamist pakkuma koolieelikutele ning noortele kuni 26. eluaastani. Projekt TAHTA raames loodi 1. jaanuaril 2010. aastal Hariduse Tugiteenuste Keskus. Meie keskuse praegused ruumid aadressil Tähe 56 avati sama aasta 26.märtsil.
Keskuse logoks on puu, mille oksad sümboliseerivad koostööd, mitmekülgsust ning kogemusi. Oksad kinnituvad tüvele, mis omakorda sümboliseerib tugevust.
2011. aastal hakati keskuses osutama rehabilitatsiooniteenust 3-18aastastele puudega lastele ja alaealiste komisjoni soovitusega kuni 18aastastele noortele.
1.jaanuarist 2013. aastal liitus Hariduse Tugiteenuste Keskusega seni Tartu Kutsehariduskeskuse struktuuriüksusena toiminud karjäärikeskus.
2014. aastal alustasid tööd SA Innove poolt algatatud üleriigilised Rajaleidja keskused, mis võtsid üle nõustamiskomisjoni ning karjäärikeskuse töö. Hariduse Tugiteenuste Keskus jätkas Tartu linna laste nõustamist ning hakkas koordineerima tugispetsialistide aineühenduste tööd.
2015. aastal hakkas keskus konsulteerima haridusasutusi turvalisuse valdkonnas.
2018. aasta sügisel korraldas keskus Tartu õppenõustamise 20. aastapäevaks konverentsi “On õnnest puudu veel üks samm”. Konverentsi raames ilmus ka ajakirja Eripedagoogika number “Õppenõustamine 20”.
Hariduse Tugiteenuste Keskuse juhatajad
1998 – 2012 Ana Kontor
2012 – 2014 Ulvi Müürsepp
2014 – 2018 Merily Tensnig-Kruusla
2018 – Annely Võsaste